●張佛泉人權研究中心。 張佛泉，學名葆桓，民國前四年生於河北寶坻縣，是中國當代傑出的政治學者。張教授曾參與創辦五O年代台灣最重要的異議刊物「自由中國」月刊，也是東吳大學在台復校的首位政治學系主任（1954-1958）。他的『不可出讓的權利』以及『自由與人權』，可以說是中文世界中，寫作最早，也最有系統地探討人權思想及觀念的書籍，堪稱是人權思想與觀念研究的巨擘。尤其『自由與人權』早已成為國內研究人權思想的重要參考書籍，對國內的人權思想與觀念的傳播具有相當大的貢獻。本中心以張教授名諱命名，具有相當重要的意義。
●ＷＴＯ法律研究中心 起因自2006年3月由本校法學院院長潘維大教授，法律系李貴英教授、高聖惕副教授與王煦棋教授承接中經院台灣 WTO中心委辦：「國際經貿事務研究及培訓中心」之「建構我國在世界貿易組織下的法律諮詢支援體系」計畫，藉此機會本校法學院專業研究能量得以與我國政府設立之智庫接軌，並在WTO各項議題之談判上，提供政府談判代表事前與臨場之法律諮詢服務計畫，為強化及深化此項研究能量與學校之關係，依據本校「研究中心設置與考核辦法」成立本中心。透過WTO研究中心的成立，就WTO法律面之爭端解決、條文解釋、WTO協定在國內法上之效力與適用以及與其他國際協定之法律衝突等問題，從事基礎性以及前瞻性議題的研究，以期對國家做出更大之貢獻，同時亦能增加本校與國際間從事學術交流的機會。
●海量資料分析研究中心 為促進海量資料分析之研究，推展海量資料分析的專業訓練，增強海量資料分析之跨領域整合人才培訓以及相關國際學術交流，特依東吳大學教學研究中心設置與考核辦法之規定，設立「東吳大學海量資料分析研究中心」。本中心主要研究方向為社會科學、全球問題之海量資料研究分析，與雲端運算系統整合，以提供財經商情、企業營運、社會政策、區域問題與全球變遷各領域之相關資訊，同時亦能將本校過去累積之許多數量分析的基礎加以整合，發揮更大的綜效。
●中東歐研究中心簡介 2006年10月，東吳大學人文社會學院執行教育部教學卓越計畫《中東歐人文社會科學教學暨國際合作計畫》，由社會學系張家銘教授成立「中東歐工作坊」。2007年6月，工作坊團隊正式組織「東吳大學人文社會學院中東歐研究室」。並於2008年10月於本校社會學系成立「中東歐教學研究中心」以推廣、深化中東歐教學。2013年6月，「東吳大學中東歐研究中心」(Central and Eastern European Center) 正式由中東歐研究室升格成立，由張家銘教授擔任首任主任，施富盛老師為執行長，目前則由政治系吳志中老師擔任主任，社會系鄭德興老師擔任執行長。本中心也是台灣唯一以中東歐地區「維謝格拉德集團」(Visegrad Group / V4)成員國家為主要領域之研究中心，推廣校內外關於中東歐區域之歷史、區域發展與整合、民主轉型、政治、經濟、社會與文化相關教學與研究。2015年7月，中東歐研究中心更與匈牙利布達佩斯考文紐斯大學(Corvinus University in Budapest)合作，成立「布達佩斯考文紐斯-東吳大學聯合研究中心」(Corvinus-Soochow Joint Research Centre)，為國內之首創。
●人工智慧應用研究中心。為促進人工智慧研究發展、推展人工智慧分析的專業訓練、提升前瞻之人工智慧應用研究，並與世界頂尖研究接軌，進而替校內與國內相關科技應用、產業發展注入新的動能與競爭力，於107學年度第2次校務會議(107年5月30日)通過設立本中心。
●圖靈人本智能科技研究中心。為促進人本智能科技研究，增強本校與業界的產學合作，整合人才培育，於109 學年度校務發展委員會第 2 次(臨時)會議(109年12月4日)通過設立本中心。本中心希望透過舉辦論壇/講座/研討會等類型活動，對於以技術為核心的智能科技產業界提出人本的倡議，在流程中融入人本考量以及人類行為數據;提出個案研究成果用於教學並累積成為具特色的個案資料庫;提出智能科技產品/服務的人性化測試標準。
